银杏系雌雄异株的树种，但在国内已发现4株雌雄同株的银杏，美国和日本也有雌雄同株银杏的报道。银杏虽可长成参天大树，但在很多方面却表现出其原始性，尤其是花表现得更为突出。银杏的雄花是由叶原基发育而成，每短枝抽生3~8朵雄花， 呈倒垂的柔荑状花序，初看极像桑葚或柳絮。雄花与叶片共同簇生于短枝上，呈螺旋状松散排列。一朵雄花上有30~43个花药柄，每柄上有一对花药，每一花药中有4~6千粒花粉。雌花亦生于短枝的叶腋间，每一花柄上端一般着生两枚似火柴头状的胚珠，也有3~4枚的，少数有8枚的，不过只有1~2枚发育成种实。银杏的雌雄花颜色均为黄绿色，且个头小，一般花期为7—10天。


银杏系典型的裸子植物，其种子称为种实。种实一般呈倒卵形、椭圆形、卵圆形、球形等。种实外层为黄色、橙黄色肉质的外种皮，中层为白色、骨质、坚硬的中种皮，内种皮呈纸质淡红褐色。银杏内种皮包被的部分为胚乳，胚乳肉质呈深绿色或乳黄色，细腻嫩软，是银杏的可食部分，味甘甜稍苦，糯性强。除掉银杏外种皮的种核俗称“白果 ”。


在我国银杏自然分布区也有种实着生在叶片上的银杏，这种银杏通称为“叶籽银杏”，它是银杏的一个变种(Var.)。我国目前已发现13株“叶籽银杏”。“叶籽银杏”的发现，无疑丰富了我国的银杏树种资源。日本、意大利也有发现“叶籽银杏”的报道。